东汉开始尚书分六曹治事，有三公曹、吏曹、二千石曹、民曹、主客曹，其中三公曹尚书为二人，故称“六曹”。后主客曹分为南、北两主客曹，仍称“六曹”。

魏晋以后，尚书六曹屡有变更，至隋，尚书省分吏、殿中(左户)、祠、五兵、都官、度支六部，唐定为吏、户、礼、兵、刑、工六部。故后世亦以“六曹”称六部。隋唐前，曹即尚书，隋唐后，曹为各部尚书的下属机构，如隋度支尚书之下属为度支、仓、左户、右户、金、库六曹。唐沉亚之《贤良方正能直言讽谏策》：“夫尚书六曹之设，犹人之有六腑也。”清龚自珍《明良论一》：“当是时，犹有如贾谊所言‘国忘家，公忘私’者，则非特立独行以忠诚之士不能，能以概责之六曹、三院、百有司否也？”参阅《后汉书·百官志三》、《隋书·百官志中》、《旧唐书·职官志一》。

唐时州府佐治之官亦分“六曹”，即功曹、仓曹、户曹、兵曹、法曹、士曹；3.宋徽宗时，州县亦置六曹，曰兵曹、刑曹、工曹、礼曹、户曹、吏曹。故俗以六曹为地方胥吏之通称。

元李行道《灰阑记》第二折：“狼虎般排着祇从，神鬼般设着六曹。”